On commence par encoder les fichiers en .ts :

ffmpeg -i "fichier1.m4v"  -c copy -bsf:v h264_mp4toannexb "fichier1.ts"
ffmpeg -i "fichier2.m4v"  -c copy -bsf:v h264_mp4toannexb "fichier2.ts"

Puis on assemble les .ts et on les encode en .m4v :

ffmpeg -i concat:"fichier1.ts|fichier2.ts" -c copy -bsf:a aac_adtstoasc "video.m4v"