Pour mémoire, lancer la commande occ depuis le répertoire d'installation.
Exemple avec indices manquants dans la base de données :

sudo -u www-data php --define apc.enable_cli=1 occ maintenance:mode --on
sudo -u www-data php --define apc.enable_cli=1 occ db:add-missing-indices
sudo -u www-data php --define apc.enable_cli=1 occ maintenance:mode --off

Pour faire une mise à jour :

sudo -u www-data php --define apc.enable_cli=1 /var/www/nc.casami.fr/updater/updater.phar

Suivis de :

sudo -u www-data php --define apc.enable_cli=1 /var/www/nc.casami.fr/occ upgrade

Doc : https://docs.nextcloud.com/server/stable/admin_manual/configuration_server/occ_command.html#run-occ-as-your-http-user