D'abord installer Parallel, puis exécuter ces commandes dans le dossier où se trouve les fichiers flac :

parallel ffmpeg -i {} -qscale:a 0 {.}.mp3 ::: ./*.flac

On peut aussi faire de la récursivité, on install fd-find puis on lance cette commande :

fd -t f -e flac -x ffmpeg -i "{}" -qscale:a 0 "{.}.mp3"

-t f : filetype file
-e : extension
-x : command
{} : path (of the current search result)
{.}    path without file extension

Reste plus qu'a supprimer les flacs :

find . -type f -iname '*.flac' -execdir rm -r "{}" \;

Pour encoder en ogg, il faut installer vorbis-tools :

find . -type f -iname '*.flac' -execdir oggenc -q 6 "{}" \;